Библиотека НЦКТ является одним из научных подразделений центра, которое организует и осуществляет библиотечное обслуживание специалистов центра. Библиотека представляет собрание различных видов информационных источников: монографий, авторефератов, диссертаций, периодических изданий. В библиотеке содержится литература по различным медицинским специальностям: кардиология, терапия, пульмонология, гастроэнтерология, нефрология и др. Основная задача библиотеки создать условия, своевременно предоставить доступ к нужной информации и оказать консультативную помощь в поисках нужной литературы.
Библиотека существовала как одно из подразделений отдела научно-медицинской информации со времени основания НИИ кардиологии. Сотрудником библиотеки с 1995 является м .н .с. , зав. библиотекой Мусина Альфия Шаукатовна.
НЦКТ стремится, чтобы библиотека включала все виды средств информации: как традиционные печатные, так и современные технологии. В настоящее время ведется работа по созданию электронного каталога библиотечного фонда, в дальнейшем планируется оцифровка наиболее ценных документов и материалов и создание электронной библиотеки.