Является одним из важных структурных подразделений Национального центра кардиологии и терапии им. академика М. Миррахимова, обеспечивающим реализацию, развитие, совершенствование финансовой, экономической политики, включая финансовое нормативно правовое регулирование, мониторинг и прогнозирование экономического развития центра. Представляя неотъемлемую часть деятельности НЦКТ, функционирование финансово-экономического отдела (ФЭО) длится со времени его открытия.

В разные годы бухгалтерию НЦКТ возглавляли:  Тырсенко Валентина Лаврентьевна (1979-1997 гг.), с 1997 года  по 2001 год обязанности главного бухгалтера выполняла  заместитель Писараева Нина Артемовна (работала в центре практически со дня его открытия до 2019 г.),  Аязбекова Минара Мукубаевна (2001-2012 гг.). С 2012 года до 28.09.20г начальником ФЭО НЦКТ являлась Жанабил кызы Нурзада. С 16.10.2020г ФЭО возглавляет  Мусаева З.Д.

В настоящее время в состав сотрудников ФЭО входят:  зам.нач. Кудербаева  Ч.М., по финучету  Талантбекова А.Т., экономист Юрицина Л.Н., по з/п  Мусакунова  Ж.А., по учету мат.цен. Мамырбаева Э.Р., ст.кассир Каныбекова Г.К.

Задачи ФЭО:

• своевременное формирование полной и достоверной информации о финансово-экономической деятельности НЦКТ, его имущественном положении посредством подготовки форм финансовой отчетности и отчетности по исполнению бюджетов и смет;
• обеспечение руководства информацией об объемах и целевом характере фактического исполнения утвержденных бюджетов и смет в разрезе источников финансирования; изучение потребности НЦКТ в трудовых, материальных и финансовых ресурсах;
• разработка мероприятий по обеспечению режима экономии, выявления резервов, предупреждения потерь и неэффективных расходов;
• осуществление учета и контроля за состоянием денежных средств, обеспечение строгого соблюдения кассовой и расчетной дисциплины;
• учет материальных ценностей,находящихся на балансе НЦКТ, принятие к учету и списание с учета;
• осуществление планирования финансово-экономической деятельности НЦКТ, составление сметы доходов и расходов по бюджетным и специальным средствам;

• осуществление внутреннего аудита за операциями с денежными средствами, проверка деятельности всех структурных подразделений НЦКТ в области экономики, финансов и организации производства;
• контроль за соблюдением штатной, финансовой и кассовой дисциплины, за правильностью расходования средств из фонда оплаты труда, составления тарификации, установления должностных окладов;
• согласование прейскуранта цен на платные медицинские и немедицинские услуги, оказываемых НЦКТ с Министерством здравоохранения Кыргызской Республики и Государственным агентством антимонопольного регулирования при Правительстве КР;
• осуществление   учета   и   контроля   договоров   аренды,   заключенных между уполномоченным государственным органом по приватизации и управлению государственным имуществом, администрацией НЦКТ и арендаторами.