С учетом потребностей практического здравоохранения научно- исследовательские работы прикладного характера направлены на разработку в соответствии с требованиями доказательной медицины принципов первичной и вторичной профилактики наиболее распространенных и социально-значимых заболеваний внутренних органов (сердечно-сосудистых, бронхолегочных, эндокринных и др.). Указанные принципы, как известно, вошли как приоритетные направления реализации Национальной программы реформирования здравоохранения «Ден-Соолук»¸ в связи с чем, проводимые в НЦКТ научные разработки прикладного характера представляют собой научное сопровождение данной программы.

Кроме того, одним из важных направлений научной деятельности Центра  остается изучение механизмов адаптации здорового и больного организма к различным (высотная, вентиляционная) формам гипоксии, а также реализация совместных научно — исследовательских проектов с ведущими медицинскими центрами Чехии, Словакии, Китая, Турции и др.